陈艳 刘云春
大理大学 基础医学院，云南 大理 671000
摘要：目的：分析基于TCGA数据库。方法：访问TCGA并下载与患者结肠癌相关的数据集，并获得RPE-108k3BGBD基因表达谱以及相关临床信息。分析在结肠癌中RPE-108k3BGBD基因表达情况，分析表达与临床病理学参数相关性以及对患者预后的影响。采用GO信息和KEGG通路信息进行富集分析RPE-108k3BGBD基因在结肠癌中的调控通路。结果：根据TCGA数据集可以发现，在结肠癌肿瘤中RPE-108k3BGBD基因为低表达，根据COX多因素分析表明影响结肠癌预后的独立因素包括T分期，M分析，以及RPE-108k3BGBD基因表达。RPE-108k3BGBD基因低表达样品富集到DNA复制以及细胞周期等基因集。结论：通过TCGA数据库预测结肠癌患者的临床病理学研究具有明显的价值，在可以为患者的预后生存时间进行全方面的评估，得出较为有效的结果。
关键词：TCGA数据库；临床病理学；结肠癌
前言：结肠癌是常见的恶性肿瘤，在65岁以上人群当中发病率较高，且致死率较高，大部分患者一经发现已经处于晚期，且伴随着淋巴肿瘤转移。大部分患者预后不良，这也是造成患者死亡的主要原因。从目前获得的相关数据统计情况可以看出，造成患者出现结肠癌的因素与基因免疫缺陷，遗传，高脂肪以及不良的生活饮食习惯高度相关。目前很多生物信息研究学者对结肠癌发生过程当中的基因表达问题进行系统性研究，但发现结肠癌的调控机制极为复杂，包含各种通路信号的相关传递根据基因数据识别，可以帮助我们判断结肠癌的发病原因以及预后的效果。总结，目前，通过TCGA相关项目了解癌症基因组图谱分析正常样本和差异化表达样本的风险因素可以为我们判断相关问题进行总结。本文主要结合我院的结肠癌患者相关数据开展基因表达状态测序，了解患者的资料，对其问题进行风险回归模型的分析。现报道如下：
1.资料与方法
1.1数据来源
本研究能够从UCSC（http://xenabrowser.net/datapages/）下载标准化处理且经转化的RSEM标准化技术的TCGA数据，具体涉及结肠癌数据集mRNA表达TCGA，COAD等资料。
1.2方法
采取R软件对TCGA数据库当中的相关基因表达差异性数据进行筛选，根据EDGAR软件包当中提供的符合样本的基因进行筛查，开展Cox单因素和多因素的回归分析。在本次研究汇总共收集329例TCGA.COAD数据集原始样本，其中286例为癌组织样本，41例为癌旁组织样本，1例为转移癌组织，1例为复发癌组织样本。对于癌旁组织和癌组织的表达比较中仅保留具有同一患者的癌组织和癌旁组织表达信息患者，临床病理相关性分析以及生存分析中保留上述完整信息的患者。以RPE-108k3BGBD基因的mRNA表达量中位数作为节点，能够将RPE-108k3BGBD基因表达定义为低表达和高表达。利用GSEA软件对TCGA.COAD数据集急进行富集分析RPE-108k3BGBD基因表达水平对其他功能基因集影响。
1.3统计学方法
统计学软件为SpSS21.0。计量资料采用t检验，以均数±标准差（x±s ）表示；计数资料以X2检验，以率（％）表示。P＜0.05表示差异有统计学意义。
2.结果
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图1 研究数据汇总
筛选出的RPE-108k3BGBD基因在同一患者癌组织与癌旁组织中的表达具有明显统计学差异，其中RPE-108k3BGBD基因在癌组织中表达量降低，表明结肠癌发生发展中RPE-108k3BGBD基因在表达中被抑制。
结合基因富集化分析结果，可以发现，RPE-108k3BGBD基因低表达样本富集到DNA复制，细胞周期等相关基因集中。
RPE-108k3BGBD基因表达与结肠癌患者生存周期具有明显统计学差异，其中相比低表达患者来说，高表达患者生存期要长。表明在结肠癌中RPE-108k3BGBD基因低表达是不良预后影响因素。之后对影响结肠癌患者预后因素进行单因素和多因素分析，结果发现，在单因素分析中TNM分期，病理分期，RPE-108k3BGBD基因表达能够影响患者预后。
3.讨论
结肠癌患者一般发现十五年生存率较低五年死亡率较高，本文对结肠癌患者的死亡风险问题预后问题进行基因表达分析，纳入RPE429、ac00207610等相关的接模型，对患者的风险性问题进行分析，并且通过TNM分期等数据。对患者的验证预后情况，开展ROC曲线分析，通过基因表达了解KEGG和GO分析的富集通路情况，建立相关受体和配体的集合。研究发现，患者的结肠癌细胞内外信号通路与实际的破坏结肠上皮细胞的功能神经具有显著相关性。在长期的胆汁异常状态之下，患者的结肠上皮细胞存在不同程度的抑制，且强力刺激启动情况影响了增强癌细胞的侵入和癌细胞周边血管的形成，氨基丁酸的抑制作用显著增强。这种氨基丁酸受体在不同癌症患者的间表达当中均可见显著上升，且通过监测去表达还可以看到，Inc0129表达上调可以显著改善患者化疗的耐药性，通过糖基化MUCI来影响患者的肩表达，获得新形长链非编码的相关性，可以对患者的预后情况进行科学的预测。同时，对于LRN4在结肠当中的作用机制，未来还需要进一步的研究和预测。通过这种研究对患者的基因测序情况进行分析，可了解结肠癌患者生存时间，指导患者对于不同风险的结肠癌患者建立差异化的治疗措施。更加前瞻性的指导当前的治疗有效性，以科学的对患者的治疗进行有效干预。
综上所述，通过TCGA数据库预测结肠癌患者的临床病理学研究具有明显的价值，结合Cox比例以及风险分析，可以为患者的预后生存时间进行全方面的评估，得出较为有效的结果。
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